EVA 00: Prototipo
     PILOTO: Rei Ayanami
      FABRICACION: Japonesa
      ELABORADO POR: Gherim
      PRIMERA APARICION EN: Capitulo 6     

Como lo dice el hombre la unidad 00 fue la primera en ser creada después de largas y extremas pruebas y esfuerzos científicos muy, pero muy duros, para comprender el arma humana que debería combatir con los enviados de dios. Su piloto es ( o era ) Rei Ayanami, la primera elegida, eso significa que como la primera piloto, tuvo que superar las primeras pruebas. El Eva- 00 era en un principio de color amarillo, fue con ese color con el cual comenzó las primeras pruebas de sincronización con el Eva. Comenzaron con las pruebas 2 semanas antes de que el 3er Ángel llegara a atacar, todo parece ir bien hasta que de repente el Eva se volvió loco y se puso como si tuviera un "dolor de cabeza", lo cual produjo que rey tuviera un desagradable accidente dentro de la cápsula. Al final fue salvada por Gendoh ( si no hubiera hecho pudo haber muerto, aunque " la piscina estaba llena" si es que me entienden). Después del accidente, tanto el Eva como Rei estuvieron fuera de las peleas por unos cuantos capítulos. Después el Eva -00 volvió a hacer mejor que nunca, con una Rei curada de sus heridas y estrenando el nuevo color, el azul. El Eva -00 fue utilizado solo como unidad de apoyo, pues las otras unidades desempeñaron un mejor papel luchando contra los enviados de Dios. Pero de todos modos seria una unidad importantes, pues elimino a los Ángeles 15 y 16, venciendo al 15 utilizando "La Lanza de Longunus" como un arpón, y  finalmente al ángel 16 con la auto destrucción de Eva.